José de los Santos tiene 70 años y es el curandero de su pueblo, ubicado en el litoral pacifico colombiano. Un día, recibe la visita del espíritu de su hijo Pium Pium, quien fue desaparecido hace algún tiempo a causa del insostenible incremento de la violencia en el país, a manos de los buscadores de oro y el crimen organizado. Con la visita de su hijo y la certeza de que su muerte está cerca, José emprende un viaje al corazón de la selva para encontrar el sitio de su descanso eterno. Con una serie de metáforas que articulan el filme desde lo poético, Yo vi tres luces negras es un viaje espiritual que evoca la transición de las almas en espera de la muerte. Un recorrido onírico impregnado de una profunda crítica a la guerra en Colombia.