La historia se sitúa diez años después de los sucesos ocurridos en el filme anterior, y es considerada la segunda en términos de su cronología interna. Ahora con 20 años el joven Anakin Skywalker (Hayden Christensen) se ha convertido en aprendiz del respetado Jexo Obi-Was Kenobi (Ewan McGregor). Aunque es un elemento muy poderoso en la Fuerza, Anakin es impaciente, arrogante y testarudo – causando en su mentor una gran preocupación. El par tiene la misión de proteger a la Princesa Amidala (Natalie Portman), la antigua reina del planeta Naboo, quien ahora lo representa ante el Senado Intergaláctico. Se rumora que alguien quiere asesinarla en vísperas de votos, con varios intentos fallidos. Anakin y Padme se enamoran, y él la escolta a su planeta natal mientras Obi-Wan llega al planeta Tatooine debido a sospechas de una operación que pretende crear un ejército de clones.