En este cierre de la trilogía dirigida por Sam Raimi, el superhéroe arácnido debe enfrentarse a una de las peores amenazas que pudiera imaginar. Unos meses después de haber sido derrotado el Doctor Octopus, Peter (Tobey Maguire / Amor a Colores) y Mary Jane (Kirsten Dunst / Jumanji) finalmente comienzan a tener una relación estable. Todo parece estar bien en las calles Nueva York, hasta que una noche un cometa se estrella en la ciudad. Sin embargo, este no es un cometa común y corriente, sino que contiene una misteriosa y hostil criatura simbiótica con la capacidad de aferrarse a un portador. Peter descubre que este enigmático ser se ha fusionado con su traje, aumentando en gran medida sus habilidades; no obstante, el terrible huésped también altera su personalidad, liberando poco a poco su lado más oscuro. Al mismo tiempo, Peter recibe la noticia de que Flint Marko (Thomas Haden Church / Entre Copas), el verdadero responsable de la muerte del Tío Ben, ha escapado de prisión. Durante su huida, Franko se ve atrapado en un sitio donde se llevan a cabo experimentos con un acelerador de partículas, el cual altera el ADN del exconvicto y lo transforma en una monstruosidad mutante compuesta de arena. Por si no fuera suficiente, Harry Osborn (James Franco / 127 Horas) sigue culpando a Peter de haber asesinado a su padre, por lo cual decide suceder la figura antagónica de éste, causando estragos en las vidas de Peter y MJ. Con una marea de villanos aterrorizando el vecindario y su vida personal haciéndose pedazos, el Hombre Araña deberá librar la batalla más grande de su vida, descubriendo que, a veces, el peor enemigo se encuentra dentro de uno mismo.